- Основное образование
- А вот если я стану биоинформатиком, значит, я буду знать биоинформатику?
- Выживание в джунглях лшб
- Дополнительное образование
- Есть ли смысл выбирать биоинформатику своей профессией?
- Зачем нужна биоинформатика?
- Исследование банка credit suisse и лондонской школы бизнеса с комментариями: золото растет в цене как в условиях крайней инфляции, так и дефляции
- Как выглядит карьерная лестница для биоинформатика?
- Летние школы
- Сколько в биоинформатике био, а сколько — информатики?
- У биологов данные интереснее?
- Вместо заключения
Основное образование
Карьера закладывается еще с высшего образования. Бакалавриат может быть любым, но все же не гуманитарным. Экономика, физика, химия, математика, не говоря уже про компьютерные науки и биологию.
Наиболее благоприятный выбор магистратуры — либо магистратура по биоинформатике, либо “дополнение” к вашему бакалавриату, чтобы у вас было и что-то биологическое, и что-то вычислительное после этих двух ступеней. Правда, поступать в магистратуру с совершенно другим профилем — задача не из легких.
Что касается возможности получения первой ступени высшего образования (бакалавр/специалист) сразу со специализацией в биоинформатике — отношение к этому у меня неоднозначное.
Биоинформатика должна быть осознанным выбором, а сделать такой выбор после школы выглядит довольно затруднительным, но если вы уверены в том, что это — ваше призвание, то почему бы и нет. Мне же больше импонирует подход “получить общее образование и затем выбрать специализацию”, нежели сразу начать работать в узком направлении.
А вот если я стану биоинформатиком, значит, я буду знать биоинформатику?
К сожалению, нет. Биоинформатика в нынешнем состоянии — это множество довольно объемных разделов, как и в любой другой науке. Если сравнить, например, с физикой, довольно очевидно, что специалист в теоретической механике, скорее всего, будет испытывать определенные трудности в понимании последних статей по квантовой физике, и более того — у него скорее всего не будет времени читать эти статьи.
А разделов в биоинформатике много и на любой вкус:
- Эволюция (причем не только в виде “сначала были питекантропы”, а и менее известные вопросы, такие, как эволюция, происходящая в раковой опухоли)
- Поиск генетических вариантов, приводящих к заболеваниям
- Конструирование и подбор лекарств, связывающихся с определенными видами “опасных для организма” белков
- Изучение функций генов, их аннотация
- Структурная биоинформатика (манипуляции с 2D и 3D структурами, такими как, например, белки или РНК)
- Сборка геномов
- Построение карт того, каким образом вся эта мешанина из белков/РНК/ДНК/жиров/умных мыслей/занятий в спортзале/кремлевской диеты и прочего между собой реагирует (примерно как в этом видео, но еще интереснее и сложнее)
- Моделирование сложных систем (таких, как развитие организма из зародыша)
- Нейробиология (вернее, анализ данных, полученных нейробиологами);
и многое другое (да простят меня биоинформатики, чью область я забыл упомянуть).
Последние три пункта часто относят к системной биологии, но эти науки, что называется, “на стыке”, и перепрыгнуть туда и обратно можно с минимальными усилиями.
Выживание в джунглях лшб
Хватай свой бинокль, рюкзак и забирайся в джип, потому что пришло время БКШ в джунглях! Мир вокруг нас словно джунгли, где нам нужно выживать несмотря на то, что другие пытаются манипулировать, воровать, обманывать или пользоваться нашей добротой. Тем не менее, мы можем быть спокойны, если мы знаем кто мы в Иисусе Христе.
«Так как вокруг нас облако свидетелей, отбросим то, что мешает нам, а также и грех, который так легко пристаёт к нам, и с терпением и упорством последуем предназначенным нам путём» К Евреям 12:1
Как сказано в этой строфе, нас вдохновляют те, кто шли впереди нас, так что мы с уверенностью победим все страхи, грехи и нападки.
Дополнительное образование
Для шапочного знакомства с биоинформатикой уже создано немало онлайн-курсов (русскоязычный Stepic.org, англоязычные Сoursera, edX и т.п.). Среди онлайн-курсов есть очень полезные (я бы порекомендовал курс от UCSD по алгоритмам в биоинформатике и курс про эволюцию от Duke University), записывайтесь, проходите, если станет скучно или трудно — вы спокойно бросите это дело, не потратив ни чужого времени, ни своих нервов.
Дополнительное образование — это замечательная вещь, у которой практически одни плюсы — занятия по выходным или вечерам (не мешает основной учебе или работе), увлеченный коллектив и часто даже отсутствие платы за обучение. Но — отбор на подобные программы довольно жесткий, курсы объемные и темп быстрый.
Именно поэтому, если вы пока только хотите понять, заниматься ли дальше биоинформатикой, лучше сделать это до — посмотреть онлайн-курсы, поговорить с людьми из профессии, почитать что-то научно-популярное (из того что писали люди, которых я знаю лично, — статья на Хабрахабр, статья на Geektimes, обзор “Я б в биоинформатики пошел — пусть меня научат” на Биомолекуле).
Насколько знаю, в России есть две дополнительные программы — в Институте биоинформатики (ИБ) в Питере и в столице — Московская школа биоинформатики (МШБ). На мой взгляд, они примерно равны магистратуре по уровню получаемых знаний по специальности, но вот только “редкая птица долетит до средины Днепра” — многие студенты отваливаются, посетив десяток занятий — ох, нелегкая это работа — собирать геном бегемота.
Сам я закончил Институт биоинформатики как часть магистерской программы Академического университета (СПбАУ), поэтому расскажу подробнее про ИБ (про МШБ после того, как они расстались с Яндексом, практически ничего не знаю). Программа длится год, занятия по субботам.
Семинары и лекции почти все мне нравились, но замечательнейшая часть обучения — научные проекты. Научные руководители там из ведущих научных центров России и коварной заграницы. В теории проекты должны быть образовательными в первую очередь, но чаще всего это самая настоящая наука.
Славное было время: бессонные ночи, полные арабских сказок “1000 и 1 скрипт” (на самом деле поначалу сказки были индусские), ожесточенные защиты проектов, и ощущение причастности к тому самому переднему краю, с которого и приходят научные статьи, переводы которых можно часто встретить на Geektimes.
Если хочется больше предметов и фундаментальной подготовки, то обладатели технических дипломов бакалавра/специалиста, могут, как и я, сразу поступить в 2-х летнюю магистратуру по алгоритмической биоинформатике. Процесс поступления стандартный: онлайн-заявки до середины лета, потом собеседование. Прием заявок на 2022/18 год уже открыт. Но биологам туда идти совсем бессмысленно.
Для полноты рассказа пришлось воспользоваться своей агентурной сетью. Накануне публикации один из разведчиков наконец-то нарушил режим радиомолчания и передал в штаб радиограмму про МШБ. Основными моментами в расшифрованном сообщении про процесс обучения в МШБ были: а) возможность получения официального диплома от Вышки; б) наличие фундаментальных дисциплин вроде матана (на мой взгляд, это издевательство, но матан полезен затем, что он ум в порядок приводит); в) научные проекты выполняются под руководством ведущих биоинформатиков Москвы; г) из-за обилия домашней работы студентам приходится сбиваться в стаи и думать над проблемами коллективно; д) студенты, тем не менее, пищат от восторга и просят еще биоинформатики. Набор в МШБ начнется в мае.
Есть ли смысл выбирать биоинформатику своей профессией?
Чтобы ответить на этот вопрос, распределите следующие характеристики по степени значимости для вас (присвойте ранг 6 самой важной характеристике, 1 — наименее важной), а затем суммируйте с указанным знаком.
Зачем нужна биоинформатика?
Задача биоинформатики, неформально говоря, — находить логику в биологических данных. Данные эти получают в ходе экспериментов, и если для биолога данные могут выглядеть как светящаяся рыбка или красивое разноцветное пятно на фотографии, то для биоинформатика данные представлены как:
И еще множество других возможных представлений реальных биологических явлений с помощью математических объектов.
Исследование банка credit suisse и лондонской школы бизнеса с комментариями: золото растет в цене как в условиях крайней инфляции, так и дефляции
Участники рынка продолжают
анализировать исследование Credit Suisse и Лондонской школой бизнеса (ЛШБ) под названием «The Credit
Suisse Global Investment Returns Yearbook 2022».
В докладе The 2022 Yearbook
анализируются данные с 1900 по 2022 год, а также рассматриваются лучшие
варианты защиты от инфляции и дефляции и регулирование подверженности валютным
рискам. Основные выводы: облигации демонстрируют хорошие показатели при
дефляции и при страховании валютного курса, а акции не являются идеальной
защитой от инфляции, но международная диверсификация при этом идет им на
пользу.
Цена золота ($ за тройскую унцию)
Из доклада ясно, что золото
обеспечивает своевременную страховку от инфляции, и долгосрочным инвесторам в
золото следует ожидать положительной корреляции к инфляции – золото является
одним из двух активов, которые с 1900 года обладают положительной
чувствительностью к инфляции (на уровне 0,26).
Только индексируемые облигации продемонстрировали
больший показатель – 1, как и ожидалось.
Однако когда инфляция увеличивается
на 10%, доходность по облигациям падает в среднем на 7,4%, доходность по
казначейским ценным бумагам снижается на 6,2%, а акции теряют 5,2% доходности.
Недвижимость дешевеет на 2-3,3%.
Что важно, золоту удалось прибавить
в цене как в случае инфляции, так и дефляции.
Академики из ЛШБ проанализировали
2128 отдельных лет в 19 крупных странах (1900-2022), обнаружив, что в годы
максимальной дефляции золото дорожало на 12,2%, в то время как средний уровень
дефляции составлял 26%.
Стоит также отметить тот факт, что
золото также слабо дорожало в годы наибольшей инфляции, когда Индекс
потребительских цен подскакивал в среднем на 18%.
Единственным негативным моментом в
докладе, связанным с золотом, был тот факт, что доходность золота с 1900 по
2022 годы была слабой – с реальной прибылью всего в 1,3% в год — по
сравнению с 5,4-процентной доходностью акций (индекс MSCI World USD) и
1,7-процентной – облигаций.
Конечно же, ценные бумаги показали
лучшие, чем золото результаты, но здесь есть один нюанс.
Было бы странно, если бы это было
иначе, так как золото использовалось в качестве денег при фиксированном курсе в
$20 за унию до 1933 года и $35 за унцию до 1971 года. Это нечестное сравнение,
не заслуживающее внимания.
Что еще важнее, за последнее время и
на современном этапе с 1971 года после отмены золотого стандарта, и поступления
золота в свободный оборот, оно обогнало эталонный фондовый индекс S&P 500.
Как заявил один из авторов доклада, Пол Уолш (Paul Walsh), инвесторы должны
сделать вывод, что в то время как ценные бумаги по-прежнему являются
долгосрочными инвестициями, они потеряли 12% своей реальной стоимости в те
годы, когда средний годовой показатель инфляции достигал максимума (18%).
«Золото принесло не очень крупные
прибыли, но во времена инфляции он является активом, который стоит иметь»,
сказал он.
Хотя в докладе отмечается
волатильность золота – важно отметить, что золото чуть более волатильно, чем
мировые эталонные индексы ценных бумаг (менее волатильно, чем индексы
развивающихся рынков и намного менее волатильно, чем отдельные акции), и эта
нестабильность появилась только с окончанием действия Золотого стандарта в 1971
году, когда золото стало не только деньгами, но и торгуемым активом.
Совершенно иная интерпретация
доклада Credit Suisse о золоте
Оказывается, между анализами и
интерпретациями исследования, проведенными разными журналистами, существуют
серьезные противоречия.
Как писала The Wall Street Journal, в целом золото в докладе характеризуют
положительно:
«С 1900 года золото ежегодно
приносило британским инвесторам в среднем 1,1% реальной прибыли. В среднем
золото демонстрировало положительные показатели в периоды инфляции и умеренной
дефляции, а также хорошие показатели – при тяжелых формах дефляции.
Неплохо. Но это далось ценой
значительных издержек.
Во-первых, оно не приносит никакой
прибыли, и все эти показатели возникли за счет ценовой динамики. Во-вторых, это
сопровождалось значительной рыночной волатильностью. В целом облигации и
векселя хуже всего вели себя в периоды инфляции, и лучше всего – во время
дефляции. Акции не обеспечили защиты от инфляции, хотя недвижимость и золото,
по большей части, успевали за ее ростом. Единственно верной страховкой от
инфляции являются индексированные облигации.
Хотя эти ценные бумаги подвержены
риску правительственного дефолта.
С точки зрения абсолютных
показателей ценные бумаги продемонстрировали лучшую реальную годовую доходность
на уровне 5,4% по сравнению с 1,7-процентной доходностью долгосрочных облигаций
и приблизительно 1-процентной – для краткосрочных облигаций и недвижимости. Но
эти доходы были получены только потому, что инвесторы были готовы принять
существенные риски.
Стандартное отклонение для ценных
бумаг составило почти 18%. Акции стали лучшим вариантом вложения средств в
долгосрочной перспективе, хотя они плохо защищали от инфляции, а также требуют
от инвесторов железных нервов.
Сохранят ли они свои способности в
новом веке – это совершенно другой вопрос».
В то время как Reuters интерпретировал
полученные данные об инвестициях в золоте в более негативном ключе:
«Цены на золото были слишком
нестабильными, чтобы выступить в роли надежной защиты от инфляции, показало во
вторник исследование финансовых активов за последние 112 лет.
В то время как инфляция не снижает
реальной стоимости золота, оно не приносит дохода или прибыли, и драгметалл
принес намного меньшую долгосрочную прибыль, нежели акции.
Как показало исследование,
опубликованное Элроем Димсоном (Elroy
Dimson), Полом Маршем (Paul Marsh) и
Майком Стонтоном (Mike Staunton) из Credit Suisse и Лондонской школы
бизнеса, за период с 1900 года реальная доходность золота составляла 1,1% в
фунтах стерлингов, а его цена подвергалась сильным колебаниям».
Bloomberg сообщил:
«В то время как золото можно
рассматривать в качестве страховки от инфляции, металл продемонстрировал «намного
более низкие» показатели долгосрочной прибыльности, чем акции, согласно данным
исследования, проведенного Лондонской школой бизнеса и Credit Suisse Group AG.
«По этой причине организации,
которые стремятся к значительной долгосрочной реальной прибыли, вряд ли будут
массово инвестировать в золото, — заявили авторы доклада, присланного сегодня
по электронной почте. – Покупательная способность золота показала широкий
диапазон колебаний».
В Financial Times написали:
«Золото предлагает лучшую, нежели
акции, защиту как от инфляции, так и от дефляции. Но его цена очень
нестабильна, и в течение многих лет в какой-то момент ему не удавалось
оправдать ожидания, и его цена падала, в то время как инфляция росла. Правда в
том, что инвестора, опасающимся инфляции, просто некуда пойти».
Порталу Goldcore посчастливилось
также получить доступ к превосходному исследованию о золоте, проведенному
профессором финансов Тринити колледжа, доктором Константином Гурджиевым (Constantin Gurdgiev), написавшим вместе с
коллегой, доктором Брайаном Люси (Brian
Lucey), научную статью, которая продемонстрировала, что золото является
проверенным инструментом хеджирования и безопасной гаванью.
Доктор Константин Гурджиев составил
следующее заключение по данному исследованию:
«В то время как золоту свойственна
ценовая волатильность и изменение курса относительно других активов, что
губительно для краткосрочного и иногда даже среднесрочного хеджирования,
полученные данные показывают, что в долгосрочной перспективе золото является
инструментом, обеспечивающим наилучшее покрытие рисков для инвесторов,
заинтересованных в сохранении капитала.
Это не означает, что другие активы,
содержащиеся в диверсифицированном портфеле, хуже золота с точки зрения либо
номинальной прибыльности, доходности с поправкой на риск, либо предоставления
возможности хеджирования в средне- и краткосрочной инвестиционной перспективе.
Однако никакой другой актив не обеспечивает так много возможностей для
хеджирования, а также сфер применения в качестве безопасной гавани по сравнению
с другими классами активов, как золото.
В то время как драгметалл не
приносит дивидендного дохода, в отличие от акций, золото не подвержено угрозе
выживания (survivorship bias).
Также важно отметить, что и многие
акции не приносят регулярных дивидендов. Отмеченная доходность акций часто
определяется при допущении, что средний инвестируемый портфель, размещенный
вначале, в среднем аналогичен размещенному в момент закрытия портфельных
моделей.
Между тем, многие акции обваливаются
до нуля. Золото же на протяжении веков остается неподверженным рискам
исключения из котировального списка, банкротства и даже, с учетом современных
возможностей хранения, отказа от уплаты долга и конфискации.
Кроме того, физическое золото – это
не требование на остаточную стоимость предприятия, как ценные бумаги, а
находящийся в полной собственности актив без риска второочередности требования.
Таким образом, владельцы акций подвергаются риску размывания и, в конечном
счете, полного убытка. Эти риски не грозят владельцу золота.
Независимо от интерпретации данных,
диверсифицированный портфель, включающий акции, золото, инструменты с фиксированной
доходностью и другие классы активов, вкупе со строгими пассивными правилами
управления убытками и размещения прибыли, если инвесторы предпочитают смешанные
стратегии, — это лучшая альтернатива, доступная обычному инвестору на
сегодняшних рынках.
До тех пор, пока не появится актив,
сохраняющий реальную стоимость перед лицом многих дополнительных и
катастрофических рисков, в то же время обеспечивающий высокую степень
ликвидности, способности к перемещению и надежность владения, золото останется
ключевым компонентом хорошо диверсифицированного портфеля».
Доктор Константин Гурджиев –
адъюнкт-профессор финансов в Тринити колледже, Дублин, и неисполнительный член
Инвестиционного комитета Goldcore, Ltd.
Как выглядит карьерная лестница для биоинформатика?
“Если очень захотеть, можно в космос полететь”, однако если вы ростом 2 метра и весом 150 кг — вас вряд ли возьмут в отряд космонавтов. А что же с биоинформатиками?
Летние школы
Еще один вид дополнительного образования. Из того, что знаю: для школьников есть
(больше по биологии, но для будущего биоинформатика польза несомненна), для студентов и “начинающих” аспирантов —
, из зарубежных —
. Если совсем кратко о тех школах, на которых я был — ЛШБ идеальна для короткого интенсивного введения в биоинформатику, RSSSO — для тех, кто уже понял, что такое вычислительная биология и хочет “прокачать” свою статистическую базу. На ЛШБ/RSSSO можно/нужно принять участие в интересных научных проектах, в ходе которых можно на короткий срок безболезненно почувствовать себя настоящим научным работником.
Сколько в биоинформатике био, а сколько — информатики?
Это очень сильно зависит от конкретного научного центра и исследовательской группы. Понимать биологию на минимальном уровне нужно — никто не будет вам разжевывать научный проект до уровня школьной задачи по математике. Вы сами должны будете смоделировать ситуацию, исходя из вашего понимания биологии.
Однако, действительно глубокого понимания не ожидается, поэтому то, что вы помните только про пестики и тычинки, не будет препятствием, если вы решите заняться именно этой наукой. Необходимые основы биологии несложно выучить уже в процессе работы над биоинформатическим проектом.
Что действительно полезно и нужно будущему биоинформатику “от информатики”, так это знание биотехнологий, то есть того, каким образом получены ваши данные, какие в ходе эксперимента могли возникнуть проблемы. На мой взгляд, достаточно пробежаться галопом по какому-нибудь курсу молекулярной биологии, но потратить время и серьезно осмыслить принципы работы современных приборов, используемых для экспериментов.
Будущему биоинформатику “от биологии” в процессе обучения я бы посоветовал пропускать поначалу доказательства и описания методов и алгоритмов и изучать их как “черные ящики”, то есть в сугубо прикладном аспекте: “A на входе — B на выходе”, иначе есть риск “утонуть” в теоретических выкладках на несколько лет.
У биологов данные интереснее?
Несомненно. Зато биоинформатикам не нужно бегать в лабораторию по выходным (клеточные культуры, например, про выходные не знают и имеют тенденцию умирать без должной заботы). Да и исследования в биологии часто длятся годами (в зависимости от свойств модельных организмов), в то время как в биоинформатике прогресс зависит в основном от способности решать алгоритмические задачи и писать “шустрый” код. Ну, и возможность удаленной работы из любой точки мира тоже несомненный плюс в пользу биоинформатиков.
Вместо заключения
Я продолжу отвечать на ваши вопросы, заданные в комментариях к этой статье. Также, если к тому будет интерес, могу рассказать про то, чем занимаюсь (изучение связей между генетической и эпигенетической вариабельностью и заболеваниями), в отдельной статье.
Об авторе: специалист, мехмат МГУ, 2022; магистр (биоинформатика), МиИТ СПбАУ, 2022; в настоящий момент — аспирант в CRG, Барселона, группа “Genomic and Epigenomic Variation in Disease”.
Надеюсь, этот текст был для вас познавательным.
P.S. Перед отправкой эту статью прочитали коллеги, и заявили, что она написана излишне пессимистично. Смею уверить читателей, что, задавая эти вопросы несколько лет назад, я получал гораздо более мрачные ответы.
